Это связано с MTU сетевого моста. EoIP туннель становится Root(основным) портом для сетевого моста. Чтобы избавиться от данной проблемы достаточно привести MTU Bridge интерфейса к изначальному состоянию.

Проверить это можно в разделе bridge посмотрев какое значение стоит в поле actual MTU. У меня было 1408

Помогла Команда:
/interface bridge set LAN-Bridge mtu=1500

Взято с https://gregory-gost.ru/sozdanie-domashnej-seti-na-baze-ustrojstv-mikrotik-chast-5-sozdanie-eoip-tunnelya/

Либо добавить правило в цепочку ip--->firewall--->mangle

/ ip firewall mangle add chain=forward protocol=tcp tcp-flags=syn tcp-mss=1453-65535 action=change-mss new-mss=1360 disabled=no

должно получиться

0    chain=forward action=change-mss new-mss=1360 passthrough=yes tcp-flags=syn protocol=tcp tcp-mss=1453-65535 log=no  log-prefix=""